중구 남대문로 5가 544번지에 소재한 대한예수교 장로회(통합) 서울노회 소속의 교회이다. 이 교회의 전신은 1890년 이전 알렌(Allen)에 의해 세워진 의료기관인 제중원의 부설 교회였다. 그러므로 이 교회의 창설자는 알렌으로 파악된다. 1904년 세브란스 병원이 완공되고 난 후, 남대문교회는 선교부의 부지에 1909년 11월 21일 교회당 건물을 착공하였다. 이 교회당은 1910년 12월 4일 봉헌되었는데, 교회당의 건축 작업은 세브란스의 헌금에 의해서 가능하게 되었다. [註]
이 남대문교회는 6·25전쟁을 거치면서 완전히 파괴되었고 휴전 후 1954년 교회 재건 문제가 논의되었다. 그러나 교회 대지 문제로 인해 세브란스 재단측과 의견이 엇갈려 완전한 해결을 보지는 못했다. 그러나 1952년 환도 직후부터 남대문교회에서는 임시 건축위원회를 조직하여 교회당의 건축계획에 착수하게 되었다. 그 후 1955년 9월 27일 새 교회당의 기공식을 가졌다. 건물 설계는 박동진(朴東鎭)이 맡았는데 그는 고려대학교 서관 건물과 영락교회 등 석조 건물을 시공한 경력을 갖고 있었다. 이 교회당은 1969년 11월 21일 공사가 완료되어 헌당식을 가졌고, 그 후 오늘에 이르고 있다. [註]